Intensivo en R: Análisis Estadístico de Datos de RNA-seq.
Curso Online Solidario
Profesionales del “Colegio Ecológico y Medioambiental Antú” ubicado en la comuna de La Cisterna están recolectando aportes monetarios o alimenticios para repartir entre los hogares de estudiantes más afectados por las consecuencias de la situación sanitaria actual. En ese contexto, el presente intensivo pretende ser un puente entre quienes puedan y quieran manifestar su solidaridad con grupos menos favorecido de nuestra sociedad, y a la vez pretende capacitar en el análisis de datos transcriptómicos. Para ser parte de este curso online impartido vía Zoom es necesario un aporte mínimo de $30.000 (treinta mil pesos chilenos) por las 5 sesiones. La totalidad del dinero recaudado será transferida a la causa organizada en el colegio y el comprobante será enviado a tod@s los participantes.
Objetivo General
El objetivo general de este intensivo es capacitar a sus asistentes en la comprensión teórica y práctica de análisis estadístico y funcional de datos provenientes de ensayos transcriptómicos como bulk RNA-seq utilizando alternativas de softwares libres como “R/Bioconductor” y “Cytoscape”. Ello se logrará mediante el entendimiento a cabalidad del flujo de trabajo involucrado en dicha tecnología, para finalmente obtener resultados cuya interpretación biológica esté cargada de significado y que permita la correcta toma de decisiones.
Sesión 1: Viernes 05 de junio. Fundamentos Estadísticos para Bioinformática.
- Estadística y Probabilidad: medidas de resumen y distribuciones de probabilidad.
- Estadística Clásica: hipótesis nula y alternativa, valores p (ajustados) y q.
- Estadística Bayesiana: Teoría de decisión y probabilidades a posteriori.
Sesión 2: Viernes 12 de Junio. Programación en R para Bioinformática.
- Introducción a la programación en R y uso de RStudio.
- Tipos de variables: vectores, matrices, factores, data.frame, listas.
- Flujos de control y condicionales: loops, funciones, familia apply.
- Manejo de archivos txt, csv, FASTA, FASTQ, BAM, BED.
- Práctico en R/Bioconductor: Intro a R/Rstudio. Manipulación de tablas.
Sesión 3: Viernes 19 de Junio. Análisis Multivariado usando datos Ómicos.
- Métodos No supervisados; PCA, t-SNE, NMDS, PCoA, Clustering.
- Práctico en R/Bioconductor: Efecto transcriptómico del estrógeno sobre células MCF-7.
Sesión 4: Viernes 26 de Junio. Introducción a la Transcriptómica.
- Transcriptómica: Bulk RNA-seq y single-cell RNA-seq.
- Análisis de expresión diferencial: comparación métodos estadísticos frecuentistas y bayesianos.
- Práctico en R/Bioconductor: Análisis de expresión diferencial a partir de conteos brutos de RNA-seq entre células bronquiales humanas sanas versus células infectadas con SARS-CoV-2.
Sesión 5: Viernes 03 de Julio. Análisis de Enriquecimiento de Anotaciones Funcionales.
- Uso de bases de datos de Anotaciones Funcionales: Gene Ontology (GO), KEGG.
- Análisis Estadísticos de Vías Biológicas: Distribución Hipergeométrica y Prueba de Enriquecimiento.
- Práctico en R/Bioconductor y Cytoscape/ClueGO: Funciones Moleculares (GO) y Vías Metabólicas (KEGG) afectadas en células bronquiales humanas frente a la infección de SARS-CoV-2.
Aporte mínimo: $30.000.
Monto total por las 5 sesiones los viernes desde 8:30 hasta las 11:00 horas.
Inscripciones y más información: luis.valenz.v@gmail.com
Instructor:
Luis Valenzuela Villa, PhD en Biotecnología Molecular Universidad de Chile, CEO Omics Lab SpA.
Investigador Postdoctoral Centro de Gerociencias, Salud Mental y Metabolismo.
